湘雅医院李津臣团队开发人类功能获得性变异数据库与分析平台
来源:湘雅医院 点击次数:次 发布时间:2024年11月28日 作者:赵文静 李滨
本网讯 11月24日,英国牛津大学出版社旗下的生命科学领域权威期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在线发表了中南大学湘雅医院李津臣、李滨、赵贵虎团队最新研究成果:人类功能获得性变异数据库和分析平台(GoFCards: an integrated database and analytic platform for gain of function variants in humans)。该研究推出了迄今为止最全面的、已获实验验证的人类功能获得性变异相关数据信息,为生物学和医学研究者提供了便捷的查询和分析平台。
湘雅医院生物信息中心2023年进修生赵文静博士、湘雅医学院八年制2021级本科生陶佑富、湘雅医院2022级硕士研究生熊佳仪、中南大学生命科学学院2021级本科生刘蕾为本项目研究的共同第一作者;湘雅医院国家老年疾病临床医学研究中心赵贵虎助理研究员、李津臣教授、李滨副研究员为共同通讯作者。本研究工作也得到了夏昆教授团队和唐北沙教授团队的大力支持。
功能获得(Gain of Function,GOF)变异能够增强或引入新的蛋白质功能。识别GOF变异对于揭示疾病的潜在机制、确定潜在的治疗靶点以及推进遗传学研究至关重要。因此,深入理解GOF变异对于阐明新的疾病机制和确定新的药物靶点,支持更精确的治疗策略的发展非常关键。尽管基因组学和生物信息学的进步为GOF变异研究提供了诸多新工具,但由于数据碎片化和现有数据库的局限性,识别和分析致病性GOF变体仍然具有挑战性,这凸显了获取关键遗传信息的困难。
为方便研究者查询与疾病相关的GOF变异,李津臣教授团队汇集并整合了超过150个遗传和临床相关的数据库和工具,并将具有研究证据支持的GOF变异与这些数据关联,开发了一站式人类疾病相关功能获得变异数据库及分析平台——GoFCards。该平台允许访客免费查询及分析任意感兴趣基因的GOF变异及其相关遗传和临床表型信息,以便对基因变异参与疾病发生的可能机制作系统评估。该数据库包含了团队通过手动筛选大量文献,从2069项研究中识别出与1299种疾病相关的579个基因中的3089个单核苷酸变异(SNVs)和72个插入缺失(INDELs),以及通过算法验证预测的350万个GOF变异。GoFCards数据库采用基于证据可靠性的专有评分系统对GOF变体进行优先级排序,并对缺乏文献记录的变体提供预测评分。该数据库不仅为遗传学家和临床医生提供了一个易于访问人类疾病相关GOF变体的平台,还提供了全面的变异和基因水平的注释,使用户能够方便地获取详细和相关的遗传信息。
据悉,李津臣教授团队利用生物信息、人工智能、深度学习等方法开发精准解读基因变异、鉴定候选基因的新工具、新平台及数据库,并应用到以孤独症、帕金森病为代表的神经精神类疾病,探究疾病发生发展的本质规律及发病机制,为其精准防控和诊疗提供科学依据。课题组PI李津臣教授作为项目负责人,获批国家重点研发计划、国家“万人计划”青年拔尖人才项目、国家自然科学基金面上项目等科研项目10余项,以第一作者或通讯作者在Molecular Psychiatry、Nature Communications等国际知名期刊累计发表SCI研究论文40余篇(JCR1区38篇),其中IF>10的研究论文17篇。
(一审:赵云逸 二审:唐潇珺 三审:李殷)