1月15日，湘雅三医院2005年教职工代表大会、医院工作会议暨首届科技工作会议胜利召开。参加会议的领导和专家有：湖南省省政府副秘书长姜儒振，卫生厅厅长刘家望，科技厅副厅长唐峰，校领导李健、邱冠周、陈启元、黄健柏、胡铁辉、陈治亚、郭乃正，中国工程院院士何继善、夏家辉，校长助理杨福林、徐慧。会议期间，164名与会代表认真听取并审议通过了湘雅三医院院长黄祖发的工作报告，并表彰了2004年度先进集体和个人。

2004年，是湘雅三医院继续深化改革、实现超常发展的一年，医院圆满完成了年初制定的“321”工作目标，在医疗、教学、科研、改革和管理等方面成效显著，产生了7大高水平的标志性成果：一是国家人事部、卫生部、国家中医药管理局联合授予医院“全国卫生系统先进集体”的荣誉称号；二是移植医学占据国内领先地位。2004年，卫生部移植医学工程技术研究中心通过专家评审，卫生部在移植医学领域所资助的2项临床重点项目均被三医院获得。全年共开展肝、肾等移植手术200多台，其中，活体肾移植不论从规模，还是从技术上，都处于国内领先水平，联合国副秘书长奥贝德女士来医院探视移植病人后，对医院移植医学的发展给予了很高的评价；三是内科学成功创建为教育部国家级精品课程，成为中南大学去年获得的五大国家级精品课程之一；四是全国首家个体化用药治疗咨询指导中心挂牌三医院，同时有9个临床专业通过首批国家药物临床试验机构的评审；五是三医院获得国家人事部中国博士后科学基金二等资助,实现了中南大学临床医学领域获得该基金二等资助项目零的突破,成为学校首次获得二等资助的四大项目之一；六是参与研究的“以数据共享为核心的科技基础条件平台”项目，被评选为2004年中国医药科技十大新闻；七是医院外科大楼主体工程顺利提前封顶，并以高分入选湖南省重点建设项目目标管理先进单位。

同时，2004年5月28日，湘雅三医院承办了“中国管理型医师体制创新高峰论坛暨全国医院产权改革模式研讨会”，中央、省、市、学校等媒体对医院内部管理体制改革进行了全方位的报道，在全国产生了深远的影响，中共湖南省委《内参》，先后两次刊登了医院的改革经验。

为了保持医院可持续发展,2005年医院提出了“科技兴院，人才强院”的发展战略并提出了“1331”的工作思路和具体目标。

会议期间，举行了病毒生物技术国家工程研究中心湖南分中心和全国首家个体化药物治疗咨询指导中心授牌仪式，两个机构均落户湘雅三医院，此外，医院还与中国军事医学科学院签订了科研合作协议。