彭州市医院受地震破坏，手术间里的器械被震得东倒西歪，由于需要手术的病人很多，驻守在此的第三医疗队和第二医疗队仔细清理了手术间，为伤重的病人及时施行手术。余震时有发生，手术间仍有危险，有好几次手术过程中余震较强烈，窗户摇晃，天花板上震下灰尘。医疗队员只好紧急疏散，把病人转移到帐篷里进行麻醉包扎，待余震过去才返回手术间。

病人不断增多,工作量不断加大，医疗队员每天忙得汗流浃背，身上的白大褂湿了又干，干了又湿，有时忙到夜里一两点，还须随时准备接待伤病人。据第三医疗队领队黄进华教授介绍：“不知道什么时候会发生余震，所以大家都只能和衣而睡。繁忙的工作，加上精神高度紧张，队员们相互鼓励，亲如一家。”有的队员三四天没洗澡,全身都沤馊了。洗澡问题被提出来后，医疗队的“管家”——各医疗队领队找到一个简陋的招待所,一层楼20多个人轮流共用招待所里唯一的一个小淋浴间。因为床位不够,有的队员打了地铺,有的睡在睡袋里。有次午夜12点多，余震又发生了，窗户、床铺摇晃起来，为安全起见，守夜的工作人员赶紧把大家叫到屋子外面空旷的地方，以免房屋倒塌被压。

据第三医疗队统计，自5月14日晚到5月18日午夜12点,第三医疗队接诊伤员近200名，完成手术35台。